陳鼓應教授曾總結出「三個王曉波」的說法：法家研究學者、台灣史與台灣問題專家，基本涵蓋了一般人對王曉波的認知。不過，還有一個王曉波卻經常被忽略，即孫中山專家。王曉波無論對於理論的探討，或是現實局勢的批判，往往來自於他內化於其中的孫中山思想，例如「國際主義」（Internationalism）的基礎是「民族主義」（Nationalism），又如「做西方霸道的鷹犬，或是做東方王道的干城」之說等等，從王曉波援引孫中山的論述中，也體現了孫中山思想在當代的適用性。
王曉波曾自述，雖然對於孫中山思想似懂非懂，但對於學校教育帶有權威性的三民主義課程並無好感。對於中國傳統文化天生聰慧的王曉波，在政工幹校受預官分科教育的國父思想課程，聽到教官把「心物合一」，竟解釋為我們的「心」與外界的「物」合一，感到荒謬之餘，並提出糾正應解讀為「體用一如」之意。
王曉波全面投入孫中山思想的研究，保釣運動是一個關鍵轉捩點。當年敏洪奎以筆名「孤影」（影射陳鼓應），在《中央日報》連載《一個小市民的心聲》，從保守、偏安的視角，對校園運動的民主派師生進行攻擊。而王曉波則以《為三民主義作辯護》的文章加以批駁，卻引來校方和國民黨中央黨部中央四組的關切。
隨之而來的台大「民族主義座談會」，一股「反保釣」、「反統一」的氛圍正在醞釀集結，他們主張與美國的現代化接軌，甚至與中共治下的大陸土地與人民切斷連結。這場被王曉波稱之為戰後校園第一次的統獨論戰，講台上自然不可能出現「台獨」，但「獨台」已見雛型。王曉波以「釋民族主義與中國統一」的講題應戰，強調反對帝國主義的民族主義，以及「中國必須統一於中國人民」的使命。
王曉波的「中山觀」由此初見輪廓，而內在骨架的搭建，乃受到「台大哲學系事件」與胡秋原先生的影響。王曉波因台大哲學系事件遭到解聘後，同遭解聘的李日章邀他一同參與「巨人出版社」的「現代中國思想家」叢書，王曉波負責第四輯孫中山的寫作。王曉波在書中編撰了「國父年表」、「國父思想綱要」、「國父著作年表」，以及「國父論著選輯」四個部分，選錄了孫中山34篇文章，涵蓋《三民主義》、《實業計劃》，一直到逝世前的《北上宣言》等，未具主題性，亦較為零散。
離開台大後的王曉波，為了探尋保釣運動期間遺留下來的種種問題，他以台灣歷史與孫中山思想為兩大研究領域。兩者之間存有內在聯繫，孫中山因甲午戰爭組織興中會，故王曉波提出了中國近代知識分子民族自救運動原點在台灣的觀點，他也認為，要瞭解台灣人民光榮的愛國主義傳統，亦非從孫中山思想入手不可。中國文化與生存之危機，不僅表現在國共兩黨的兩條路線之爭，經過胡秋原的點撥，王曉波找到了問題的根源，即帝國主義。
據中國社會科學院近代史研究所副研究員李志毓在《大浪淘沙：中國革命中的國民黨左派與知識青年（1920-1930）》書中的研究，國民黨內部一向有左派的傳統，其成員多半具有西方經驗，對於西方文化也有深厚素養。因為他們更加瞭解西方世界，對於帝國主義、殖民主義深惡痛絕，又受到社會主義的熏陶，比較關注底層民眾利益、重視農民問題，從而引領左傾知識青年「投身國民革命，追求自我解放，到走向人民革命，逐漸成長為一個有覺悟的革命主體」。由這段總結性的描述，基本概括了胡秋原、王曉波的思想譜系。王曉波邀請時任國民黨發展研究院（原革命實踐研究院）院長關中為《孫中山思想研究》一書作序，其追問的也是國民黨能否重建思想理論與靈魂精神，隱約透露了他對於國民黨的內涵關懷。
王曉波在後釣運時期的思想探索，深刻體會到孫中山所言：「民族主義這個東西，是國家圖發達和種族圖生存的寶貝。」而在貫穿其台灣史研究的主線，則為林獻堂所說：「應知台胞在過去五十年中不斷向日本帝國主義鬥爭，壯烈犧牲，前仆後繼，所為何來？簡言之，為民族主義也。」換言之，孫中山的民族主義，是王曉波學術與志業的最大關鍵。
如果說1978年出版的《現代中國思想家（第四輯）：孫中山》，是王曉波研究孫中山的初試啼聲，那麼從自在到自覺、自為的成果，便體現在初版於1984年的《孫中山選集》。在這本全新的選集中，王曉波將孫中山的論著分為十卷：（一）中國文化之危機；（二）救亡運動與三民主義；（三）民族解放與民族主義；（四）帝國主義與不平等條約；（五）中國之和平統一；（六）世界潮流浩浩蕩蕩；（七）民主為中國必然之道；（八）社會主義與聯俄容共；（九）資本與土地；（十）以民生主義建設新中國。
王曉波為這本選集撰寫了長篇導讀《孫中山思想的回顧與前瞻》，由此可以看出他將孫中山論述做以上分門別類與先後排序的心思。在他看來，中國自1840年鴉片戰爭以來的最大危機，在於帝國主義的侵略，同時包含了政治侵略與經濟侵略。孫中山站在被壓迫民族的立場，尋求中國人的民族解放。要打倒帝國主義，除了根據主義團結起來之外，還必須「喚起民眾及聯合世界上以平等待我之民族共同奮鬥」，從而恢復中國為「中國人之中國」。
王曉波強調孫中山的「弱小民族」觀，展現了以「反帝」為最高目標的左翼理念，爭取政治權力、權利須由主權所有者（即民族）來行使，進而反對西方人以文明優越論壓迫中國的「天賦人權」說，因為「民權」是奮鬥來的，而非任何人或上帝之恩賜。而中國所面對的經濟剝削，既來自資本家與軍閥，更由於背後「瓜分豆剖」中國的帝國主義。由此觀點來理解孫中山的民生主義，王曉波看重的是「發達國家資本」與「節制私人資本」兩個辦法，視兩者為「資本主義與社會主義兼而有之」，「此種構想實開混合經濟體制之先河」。
從孫中山對民族主義的詮釋，來看王曉波獨特思想的形成，為民族主義辯護成為其一大特色。對他來說，民族主義不可一概而論為「動之以情」之力，自然不可與義和團、法西斯主義聯繫在一起。若從歷史脈絡加以考察，西方的民族主義在帝國主義的牽引下，具有擴張、侵略的性質，那才是應該以自由、民主與法治「節之以理」的對象。而中國、亞非等新興民族主義，乃是在針對前者的抵抗中鍛鍊出來，具有內在的進步性。1978年5月號《中華雜誌》，刊載陳映真翻譯1974年新版《大英百科全書》「民族主義」條，受到王曉波的重視與屢屢援用，即透露了其思想用意。
進一步對照王曉波的台灣史研究，他極力發揚台灣50年抗日運動中的「祖國意識」，包括反殖知識青年投入中國革命的洪流，以及台灣抗日健將懷抱深重的孫中山認同。王曉波以民間之力推動《蔣渭水全集》的出版，正是出於蔣渭水身上的「中山性」，例如台灣民眾黨以青天三星滿地紅為黨旗，「三星者」，三民主義也。王曉波孫中山研究的集大成《孫中山思想研究》一書，開宗明義的自我告白，正以台共翁澤生於《台灣民報》發表《哀悼中山先生》文章之言「中山先生雖死，中山主義決不死」做為標題，並顯目地標注了1927年3月12日蔣渭水在孫中山先生逝世二週年紀念會講辭：「孫先生臨終時，尚連呼和平、奮鬥、救中國數十聲，希望今夜出席的人，深深接納孫先生最後的呼聲－－和平、奮鬥、救中國。」
反殖、反帝的民族主義，充分表現為台灣歷史的特殊性，愛國主義成為必然傾向，殖民統治下的台灣、朝鮮均能看到如此特色。孫中山革命運動的昂揚，及其思想中的反帝性質，將半封建、半殖民與殖民地下的中國兩岸命運連結起來，做為象徵的孫中山思想，也在光復初期的台灣發揮了強化中國人命題的正面作用。
王曉波曾說，「孫中山思想並非權威統治的幫兇，而是中國人民解放的病音。」孫中山讓中國人認識到要將中國從亡國滅種、豆剖瓜分的危機中拯救出來，同時也讓後代中國人持續追問：「中國的前途，中國往何處去？」40餘年前，王曉波從孫中山思想中提煉出了五大前瞻：（一）帝國主義問題；（二）統一中國問題；（三）民主政治問題；（四）社會主義問題；（五）中國前途問題。
40多年後，世界發生了巨大的翻轉，東升西降，「西方不亮東方亮」。孫中山思索的資本主義與社會主義混合經濟體制，不僅在當代中國透過「摸著石頭過河」得到了實踐，更透過國家實業的發展，走在孫中山期待「迎頭趕上去！」的道路上。不過，前述前瞻性的問題，至今仍是對兩岸中國人的靈魂叩問。至少在此岸，王曉波留下了他的思考答案－－「新的台灣民主運動的崛起，當與中國的和平再崛起並進，重新回歸台灣歷史的軌道，『原鄉人的血，只有流回原鄉才會停止沸騰』，民族主義與民主運動結合，才能是真正台灣民主的明天。」
尤其今天在面對美國霸權的全方位壓迫時，台灣更應該捫心自問：我們要做西方霸道的鷹犬，或是做東方王道的干城？反帝的民族主義，正是當代台灣最為缺乏的思想要素。◆